[DeepLearning] 서버 접속과 모델 돌려보기

1. 서버 접속
2. conda activate deepcdr
3. conda install (keras, python==3.6, pandas, hickle, scipy, scikit-learn)
4. python run_DeepCDR.py -gpu_id 1 -use_mut True -use_gexp True -use_methy True
5. 그 외 자잘한 오류 해결
   1. syntax error
   2. zip 파일로 된 파일 때문에 접근이 안돼서 압축 풀어줌

 

 

 

*에러

 

2번의 경우 가상환경 activate 안하고 패키시 설치할 경우 에러가 날 수 있다.

따라서 가상환경을 만들어놨다면 꼭 가상환경 안에서 패키지를 설치하자.

 

그리고 3번 과정에서 각 패키지끼리 버전이 부딪혀 설치가 안되는 경우가 있는데 검색해보면 어떤 패키지에 어떤 패키지는 몇 버전으로 맞춰야 하는지 나와있으니 참고해서 버전 맞춰주자.

 

참고로 나의 경우에는 tensorflow 1.13.1 버전 때문에 파이썬 버전을 3.8로 맞췄는데 keras 2.1.4 설치하려고 하니까 이번엔 3.8 버전이 안된다고 에러가 떴다. 결국 파이썬을 tensorflow와 keras를 절충해서 3.6 버전으로 재설치해줬다.

 

 

3번에서 'packageNotFound' 어쩌구 에러 뜨면 아래처럼 실행

 

$conda install -c conda-forge [패키지명]

 

 

5-2번에서 zip 파일의 경우 파이썬의 shutil 모듈로 압축 풀어줌

import shutil

filename = './drug_graph_feat.zip'
extract_dir = './data/drug_graph_feat'
archive_format "zip"

shutil.unpack_archive(filename, extract_dir, archive_format)

 

 

이런저런 잔(?) 에러 처리 후 지금은 열심히 돌아가는 중!!